В архитектурный ансамбль верхней территории заповедника, кроме храмов, входят постройки: Ковнировский корпус (XVIII в.), келии соборных старцев (нач. XVIII в.), Экономический корпус (нач. XVIII-XIX вв.), здание типографии (XVIII в.), дом наместника (нач. XVIII в.), митрополичьи покои (1727 г.), башни.